Macrogen千年基因联合河南师范大学启动娃娃鱼全基因组测序

2014-3-20 21:32:48
    娃娃鱼全基因组测序计划已全面启动,该计划由Macrogen千年基因和河南师范大学副校长徐存拴教授以科研合作的形式共同启动,将沿用目前国际公认的de novo测序方案(454&454+测序平台为主,结合多种平台)完成娃娃鱼全基因组和转录组测序,并将于国际上首次绘制其全基因组图谱。在本次科研合作中,Macrogen千年基因将全面负责娃娃鱼全基因组和转录组的测序及信息分析,双方共同负责测序数据的生物学意义挖掘及文章撰写。本次科研合作是对Macrogen千年基因国际最高测序质量的肯定,并再次巩固了千年基因在中国高通量测序市场的领先地位。
    娃娃鱼学名大鲵(Andrias davidianus),是3亿年前与恐龙同一时代生存并延续下来的珍稀物种,也是世界上现存最大、寿命最长、最珍贵的两栖动物,其野生数量近年来已呈急剧下降的趋势。娃娃鱼因其进化的高度保守性而被称为生物界的“活化石”,备受进化分类学专家、分子生态学家、古生物学家、动物保护专家青睐。作为国家二级保护的水生野生动物,娃娃鱼全基因组图谱的绘制对其野生种质资源的保护具有重要意义,同时对两栖类的演化和医学研究均具有深远意义。
    至今在脊椎动物的进化历程中仍存在众多重大难解之谜,作为鱼类和爬行动物中间的进化类别,两栖类为了完成水生生物“登陆”的飞跃,在感觉器官、运动器官、循环系统等方面有着重大的调整和特有性,而且通过在个体发育过程中由幼体到成体的变态过程,神奇地完成了幼体用腮呼吸、成体用肺和皮肤呼吸的转化,终于将两栖动物在进化历史上的梦想实现。娃娃鱼基因组图谱的绘制将能很好的阐释这一进化历程,并进一步探讨娃娃鱼的起源及其在有尾两栖类中的进化地位,这对于研究地质史上生物活动和其生存环境的相互关系非常重要。
   此外,娃娃鱼全基因组图谱将从分子水平更好地阐释其幼体和成体的变体过程及再生修复过程,这将对干细胞的产生、细胞结构和功能的改变、组织器官发育、重建和再生、肿瘤的发生和发展等一系列的研究具有重大的指导意义,同时对器官移植、癌症等重大医学问题有着潜在的重大突破性意义。同时,混合型血液循化在目前国际上广为关注的心脏基因组蓝图的绘制中将会增添新鲜血液,对于人类健康的贡献有着潜在的重大科学意义。
   Macrogen千年基因在国内参与启动了中国花生基因组计划,并与中国科学院、中国科学技术大学、上海交通大学、中山大学、浙江海洋学院等达成了多个全基因组测序项目的合作,均以454&454+为主要测序平台,同时结合多种平台进行,其丰富的项目执行经验使各个测序平台的优势均能得到最佳体现。近期在Nature发表的已完成测序的物种,如香蕉、番茄、鳕鱼等均以454为主要测序平台,454+平台也已完成了大麻、西班牙耐药菌的基因组测序。因此,借力于454+平台长达1000bp的测序读长,将更有利于大鲵基因组组装过程中跨越重复区域,组装得到更高质量的基因组图谱!